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主人公の天津忠尋は、母親の置き手紙によって広島県三次市に引っ越して来る。
そこは従妹である稗田三姉妹が住んでいる所であり、そこに訪れたその時、正体不明の怪奇に襲われるが、迎えに来ていた稗田三姉妹によって窮地を救われる。それから毎日、忠尋は怪奇に襲われる日々を過ごす事になる。

朝霧の巫女 1話「巫女三姉妹見参」
朝霧の巫女 2話「入学式異変」
朝霧の巫女 3話「巫女委員会設立」
朝霧の巫女 4話「巫女委員募集中」
朝霧の巫女 5話「集結巫女委員会」
朝霧の巫女 6話「巫女大修行」
朝霧の巫女 7話「巫術開眼」
朝霧の巫女 8話「ヤガレナ」
朝霧の巫女 9話「怪猫疾風」
朝霧の巫女 10話「巫女大合宿」
朝霧の巫女 11話「灼熱恋愛指南」
朝霧の巫女 12話「騒乱祭囃子」
朝霧の巫女 13話「怪談海亡者」
朝霧の巫女 14話「黄昏の巫女」
朝霧の巫女 15話「転校生異聞」
朝霧の巫女 16話「征子恋文篇」
朝霧の巫女 17話「志津歌風霜篇」
朝霧の巫女 18話「昭和怪猫篇」
朝霧の巫女 19話「千夏奮起篇」
朝霧の巫女 20話「岬原電網篇」
朝霧の巫女 21話「鵺」
朝霧の巫女 22話「終末序詞」
朝霧の巫女 23話「審神者」
朝霧の巫女 24話「付喪神」
朝霧の巫女 25話「逆襲巫女委員会」
朝霧の巫女 26話「朝霧神話」（最終話）

朝霧の巫女 壱