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西暦2977年、退廃し堕落した人類の住む地球に、宇宙から材質不明の謎の巨大物体が落下してきた。その物体は黒色で球形をしており、表面にはマヤ文明の象形文字風の意匠が円形に刻まれていた。地球政府が無視したそれは「マゾーン」という宇宙からの侵略者が打ち込んだ、惑星の所有を誇示する「ペナント」であり、その危険を警告しようとした台羽博士や、親友であるクスコ教授は侵入していたマゾーン達によって殺される。辛うじて生き延びた台羽博士の息子・正は、マゾーンに何ら手を打とうとしない地球政府に見切りをつけ、宇宙海賊として知られていたキャプテン・ハーロックの宇宙戦艦アルカディア号に乗り込む。台羽正という新たな仲間を加え、ハーロック及び40人の海賊とアルカディア号による、謎の侵略者マゾーン達との戦いが始まった。

宇宙海賊キャプテンハーロック 1話「宇宙にはためく海賊旗」
宇宙海賊キャプテンハーロック 2話「未知からのメッセージ」
宇宙海賊キャプテンハーロック 3話「紙のように燃える女」
宇宙海賊キャプテンハーロック 4話「自由の旗 の下に!」
宇宙海賊キャプテンハーロック 5話「はるかなる星の涯に・・・」
宇宙海賊キャプテンハーロック 6話「幻のマゾーン」
宇宙海賊キャプテンハーロック 7話「海底のピラミッド」
宇宙海賊キャプテンハーロック 8話「女王の宇宙艦隊」
宇宙海賊キャプテンハーロック 9話「戦慄の植物生命体」
宇宙海賊キャプテンハーロック 10話「謎の惑星に迫れ」
宇宙海賊キャプテンハーロック 11話「ローラが金色に輝く時」
宇宙海賊キャプテンハーロック 12話「母よ、永遠なれ」
宇宙海賊キャプテンハーロック 13話「死の海の魔城」
宇宙海賊キャプテンハーロック 14話「スフィンクスの墓標」
宇宙海賊キャプテンハーロック 15話「悲恋! 北極オーロラ」
宇宙海賊キャプテンハーロック 16話「蛍・わかれうた」
宇宙海賊キャプテンハーロック 17話「白骨の勇者」
宇宙海賊キャプテンハーロック 18話「 魔の幻 影戦士（シャドウソルジャー）」
宇宙海賊キャプテンハーロック 19話「女王ラフレシアの罠」
宇宙海賊キャプテンハーロック 20話「死滅のジュラ星」
宇宙海賊キャプテンハーロック 21話「ゴーラム! 悲劇の戦士」
宇宙海賊キャプテンハーロック 22話「宇宙の墓場、デスシャドウ」
宇宙海賊キャプテンハーロック 23話「ヤッタラン、プラモ狂の詩」
宇宙海賊キャプテンハーロック 24話「純愛流れ星」
宇宙海賊キャプテンハーロック 25話「ドクター・ゼロとミー」（最終話）

宇宙海賊キャプテンハーロック DVD-BOX