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2000年9月13日に南極で発生したセカンドインパクトと呼ばれる大災害後の地球を舞台とする。その大惨事から復興しつつあった2015年の人類は、使徒と呼称される新たな脅威に見舞われていた。
国連の下部組織である特務機関NERV（ネルフ）は、襲来する使徒を殲滅するため、汎用人型決戦兵器人造人間エヴァンゲリオン(EVA)を極秘に開発していた。そのパイロットには、まだ14歳の多感な少年・少女が選ばれ、世界の命運を託されたのであった。
主人公である14歳の少年「碇シンジ」は、「幼少時のトラウマ」と「父親との疎遠な関係」から、他人と接触を好まない内向的な少年であるが、NERVの司令である父親によって、EVA初号機のパイロットとして選任される。碇シンジをはじめとする EVA のパイロットたちは、世界の命運を託され、命をかけて戦うという閉鎖的な極限状態に置かれることとなり、追い込まれ傷つき病んでいく。
セカンドインパクトの真相、襲来する使徒の正体、そして秘密裏に進められる「人類補完計画」の全貌。多くの謎がちりばめられ、主人公であるシンジの挫折と成長を追いながら物語は進んでいく。

新世紀エヴァンゲリオン 1話「使徒、襲来」
新世紀エヴァンゲリオン 2話「見知らぬ、天井」
新世紀エヴァンゲリオン 3話「鳴らない、電話」
新世紀エヴァンゲリオン 4話「雨、逃げ出した後」
新世紀エヴァンゲリオン 5話「レイ、心のむこうに」
新世紀エヴァンゲリオン 6話「決戦、第３新東京市」
新世紀エヴァンゲリオン 7話「人の造りしもの」
新世紀エヴァンゲリオン 8話「アスカ、来日」
新世紀エヴァンゲリオン 9話「瞬間、心、重ねて」
新世紀エヴァンゲリオン 10話「マグマダイバー」
新世紀エヴァンゲリオン 11話「静止した闇の中で」
新世紀エヴァンゲリオン 12話「奇跡の価値は」
新世紀エヴァンゲリオン 13話「使徒、侵入」
新世紀エヴァンゲリオン 14話「ゼーレ、魂の座」
新世紀エヴァンゲリオン 15話「嘘と沈黙」
新世紀エヴァンゲリオン 16話「死に至る病、そして」
新世紀エヴァンゲリオン 17話「四人目の適格者」
新世紀エヴァンゲリオン 18話「命の選択を」
新世紀エヴァンゲリオン 19話「男の戰い」
新世紀エヴァンゲリオン 20話「心のかたち　人のかたち」
新世紀エヴァンゲリオン 21話「ネルフ誕生」
新世紀エヴァンゲリオン 22話「せめて、人間らしく」
新世紀エヴァンゲリオン 23話「涙」
新世紀エヴァンゲリオン 24話「最後のシ者」
新世紀エヴァンゲリオン 25話「終わる世界」
新世紀エヴァンゲリオン 26話「世界の中心でアイを叫んだけもの」（最終話）

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